경영경제연구소는 소장, 부소장을 중심으로 경영컨설팅센터, 글로벌가치사슬연구센터, 금융교육연구센터, 마케팅전략연구센터, 벤처기업연구센터, 유라시아연구센터, 인적자원개발연구센터, 정보통신전략연구센터, 지역산업연구센터 등 9개 분야별 센터를 운영하고 있으며, 이외에 한국연구재단 중점연구소, 연구소 발행 전문학술지인 경영경제연구 편집위원회 등으로 구성되어 있다. 연구소 운영의 중요한 모든 결정은 소장, 학장, 부학장, 학부(과)장 등으로 구성된 운영위원회를 거쳐 이루어지고 있다.